Vou dar o meu relato.
Eu sempre tive carro MT, embora já tenha dirigido bastantes AT.
Cambio automático é sinônimo de conforto.
Como bem disse o Almeidão, tudo que facilita custa mais caro, e aqui não é diferente.
O cambio AT consome mais combustível, pois o acoplamento da caixa com o motor é viscoso (feito por óleo), o que causa perda de potencia destinada às rodas.
O AT também consome mais freio, pois geralmente o cambio "fica querendo andar" e você tem que contê-lo no freio.
Mesmo com o neutral control dos vectras C (que desengata ao parar), o gasto de freio é maior, pois há menos efeito freio-motor nos carros automáticos.
Como os AT não tem embreagem, a manutenção (preventiva) se resume à troca de óleo, que é feita em geral a cada 40mil km. A troca de óleo não da 1/3 do custo de um jogo de embreagem.
Os AT em geral andam menos, não pelo fato do acoplamento viscoso, mas sim pelo numero menor de marchas. No vectra, por exemplo, são 4 marchas contra 5 nos câmbios manuais.
Carros mais modernos são mais bem resolvidos nesse sentido, inclusive passam a desejada esportividade das trocas manuais.
Os AT não tem pressão no virabrequim como os MT, o que ajuda a reduzir as folgas no eixo, logo, se traduz em menor desgaste da parte inferior do motor.
AT's não saem de giro e não fazem trocas erradas. Rodam em geral na rotação ideal, o que diminui a formação de depósitos/carbonizações.
O problema dos AT não esta no cambio, e sim na falta de preparo dos mecânicos e de conhecimento dos usuários aqui na nossa terra.
Quando o dono roda até onde dá e o mecânico não da manutenção adequada, temos uma tragédia anunciada.
A retifica de um AT é bem mais cara que um MT, por isso esse drama em comprar um AT, principalmente usado.
Concluindo: AT, pra mim, é só vantagem, desde que seja bem cuidado e se tenha mão-de-obra disponível (entenda-se, treinada adequadamente).
Embora eu dê o braço a torcer sobre as vantagens do AT, só não tive um até agora porque o Challenge só vem com MT!
Abs!